「三元」的含義有：
指天、地、人，即天元、地元、人元。這是三元最普遍、流行最廣的含義。這種含義與三才的含義相同。
指天、地、水。《元氣論》中說：「夫混沌分後，有天地水三元之氣，生成人倫，長養萬物」。
指日、月、星。《黃庭內景經》註解：「三元，為三光之元，即日、月、星」。
指人體的三種氣，即紫素、白素、黃素。《黃庭內經》註：「三素者，紫素、白素、黃素也。長存三元妙氣，上下在身，則形通神」。
在道教教義中，指宇宙生成的本原和道教經典產生的源流，也指天官、地官、水官，或道教神仙和道教主要節日的名稱，即上元節、中元節、下元節。
指精、氣、神三元。《性命圭旨》中說：「精、氣、神謂之三元。三元合一者，丹成也」。
在古代科舉中，指解元、會元、狀元的合稱。
此外，三元還有化育天地萬物的三氣、三丹田、三甲子、堯舜禹等含義。