使用二次元顯微鏡的基本步驟如下：
準備工作。首先將顯微鏡放置在平穩的工作檯上，並確保電源線連線良好。接著，將樣品放置在樣品托盤上，並將托盤放置於顯微鏡的工作平台上。
調節顯微鏡。目的是使樣品能夠清晰地顯示。需要將物鏡調至5倍或10倍放大倍數，調節底部的照明燈光亮度，使樣品明亮度適中。然後調節物鏡與樣品的距離，以獲得清晰的顯示。
啟動二次元掃瞄器。先啟動電源開關，等待螢幕出現指示圖像。接著調節掃瞄器的工作參數以適應不同類型的樣品。最後通過掃瞄器上的按鍵或軟體界面啟動掃瞄器開始掃描樣品。
觀察樣品。掃瞄器工作時可通過顯微鏡觀察樣品。可以通過調節參數獲得不同角度和放大倍數的樣品圖像，同時調節顯微鏡的調焦裝置使圖像更清晰明亮。
結束操作。使用完二次元顯微鏡後需安全關閉操作。首先停止掃瞄器工作並關閉電源開關，然後將樣品從樣品托盤上取下並清理顯微鏡台面的殘留物，最後將顯微鏡的保護套套上以保護顯微鏡的鏡片和組件。