佩恩入侵的攻略主要包括以下幾個方面：
忍者選擇。在忍者選擇方面，應優先選擇技能範圍廣、輸出穩定的忍者，如奇拉比、穢士三代、照美冥等，特別是那些輸出技能多、傷害高的忍者，例如穢土三代。
關卡介紹。佩恩入侵副本分為兩個階段，每個階段包含多個小關卡。第一階段主要是打破結界營救村民，同時要小心忍者的阻撓。第二階段則包括擊殺小BOSS（地獄道、餓鬼道）和最終BOSS（佩恩·天道）。
打法技巧。在開局時，應優先攻擊地獄道與餓鬼道，以削弱天道的查克拉，建議將天道的查克拉削弱至30%再進行挑戰。在面對天道時，可以使用秘卷增強防禦，或者利用奧義技能擁有無敵效果的忍者來抵消傷害。
團隊協作。由於BOSS的血量是團隊共通的，所以需要整個團隊的協作才能成功挑戰。
此外，每個小關卡都有其獨特的打法和策略，例如在解救村民時，可以利用秘卷和忍者的技能來提高效率。