保健局的主要職責包括擬訂國民健康政策、衛生健康事業發展法律法規草案、規劃，制定部門規章和標準並組織實施。
保健局還負責協調推進深化醫藥衛生體制改革，制定疾病預防控制規劃，負責衛生應急工作，組織指導突發公共衛生事件的預防控制和醫療衛生救援，組織擬訂並協調落實應對人口老齡化政策措施，負責推進老年健康服務體系建設和醫養結合工作，制定國家藥物政策和國家基本藥物制度，組織開展食品安全風險監測評估，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生等公共衛生的監督管理，負責傳染病防治監督，制定醫療機構、醫療服務行業管理辦法並監督實施，建立醫療服務評價和監督管理體系，制定並組織實施醫療服務規範、標準和衛生健康專業技術人員執業規則、服務規範等。
此外，保健局還負責中央保健對象的醫療保健工作、黨和國家重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作，以及市直部門有關幹部醫療保健管理工作等。