保菌方法有多種，常見的包括：
斜面保存法。首先準備營養瓊脂或其他適宜的瓊脂培養基並分裝至試管或平板。接種菌落後培養，然後將培養好的斜面或平板放入冰櫃冷藏。
甘油凍存保存法。在量筒中倒入20毫升甘油並定容至100毫升。接著將配置好的甘油倒入已培養好的斜面試管中，用滴管將斜面表面的菌落刮下來，輕輕吹打混合後分裝。若使用液體培養，可配置40%的甘油與菌液1比1混合後保存。
凍乾保藏法、深低溫保藏法、液氮保藏法等。這些方法適用於長期保存，可以有效地保持菌株的穩定性和活性。
蒸餾水懸浮法。將菌種懸浮於無菌蒸餾水中，然後密封保存。
脫脂牛乳保存法。將菌種與脫脂牛乳混合後，保存於安瓿管中。
每種方法都有其適用範圍和優缺點，選擇合適的保菌方法取決於菌株特性和保存需求。