加持念珠的方法通常包括以下幾個步驟：
準備念珠。使用108顆一串的念珠，對於某些修行，如大禮拜或供曼扎，也可以使用25顆一串的念珠。念珠的串線方法可能因不同的修法而異。
清潔和加持念珠。在開始之前，應調好心念，進行身語的清淨。然後，猛厲祈請上師三寶的加持。使用白、黃、紅、綠四色線代表不同的加持，一邊串念珠一邊念誦特定的咒語，如「吽、吽、吽…」，並觀想念珠上的染污和垢染被清除。
念咒加持。念珠串好後，需要念咒進行加持。常見的咒語包括《加持念珠咒》和《緣起咒》。念咒時，應觀想上師三寶的加持，以及念珠和眾生的清淨，去除所有障礙。
觀想和轉結。在念珠上打結，代表不同的佛身。珠子之間的距離應適度，以避免修行障礙。如果念珠線斷了，應更換新的線並重新加持。
使用方法。在使用念珠時，應避免跨越母珠，即最大的那一粒。根據不同的修行部類（佛部、金剛部、蓮花部、羯磨部），使用不同的手指進行掐珠。例如，佛部修行使用右手大指與食指掐之。
這些步驟涵蓋了從準備念珠到使用和加持的過程。不同的傳統和修行方法可能有細微的差別，但核心原則是保持心念的清淨和對上師三寶的虔誠祈請。