北京一卡通的使用涉及實體卡和手機虛擬卡兩種形式，使用方法分別如下：
實體卡的使用。購買實體卡時需交付一定押金（通常是20元）和充值金額，卡片可綁定個人信息以便掛失和退還押金，在捷運站、公車上以及其他支持一卡通支付的場所，將卡片靠近讀卡器即可，每次刷卡成功後，系統會顯示消費金額和卡內餘額。若卡內餘額不足，可在捷運站或指定充值點進行充值。
手機虛擬卡的使用。需確保手機的NFC功能已開啟，在「錢包」APP中選擇「刷卡」進行乘車刷卡。乘坐軌道交通時，可在進、出站閘機前將捷運碼對準閘機的指定掃描區域。乘坐地面公交時，需在上下車時刷碼。
另外，手機虛擬卡支持透支使用，但需在下次充值時補扣透支金額。若不再需要使用手機虛擬卡服務，可通過北京一卡通app辦理退卡退資，卡內餘額及服務費將在一定時間內退還。