卓姓的起源主要有三支。
羋姓卓氏：這一支源於戰國時期的楚國。據傳，楚威王有個兒子名叫公子卓，其後代以祖字為姓，稱為卓氏。卓氏的歷史可以追溯到2800多年前的楚國。此外，《戰國策》中提到卓氏是楚大夫卓滑之後。卓姓的望族居地在古代的西河，即今天的山西省陽城。
贏姓卓氏：另一支卓姓源自贏姓，是蜀郡卓氏，原本是趙國人。戰國時期，秦國破趙時，他們被遷至蜀地，居住在臨邛（今四川邛崍）。秦、漢之間，以冶鐵為業成為巨富，擁有大量家僮。
外族基因流入：第三支卓姓來自於外族，如唐朝時期的吐蕃人中就有卓姓。在現代，土家族、黎族和朝鮮族中也有卓姓的存在。
綜上所述，卓姓的起源是多源的，既有源自楚國貴族的羋姓卓氏，也有源自趙國遷至蜀地的贏姓卓氏，以及外族融入的卓姓。