南京博物院的預約方式主要有以下幾種：
通過微信小程式預約。在微信中搜尋小程式「南京博物院」，按照提示選擇參觀日期和參觀人信息進行預約。
通過官網預約。在南京博物院官方網站註冊賬戶或使用微信「掃一掃」登錄，然後選擇參觀日期，添加參觀人並填寫參觀人的身份證號進行預約。
現場預約。無法使用微信小程式或官網預約，或已通過小程式或官網預約過但參觀時忘記攜帶身份證的情況下，可以採用現場預約方式。需先取紙質票，再通過閘機刷紙質票進入。
預約注意事項如下：
門票預約。南京博物院的門票是按上下午限流的，上午的門票需在13:00前進館，下午的票需在16:00前進館，過時作廢。
閉館提醒。南京博物院周一是閉館的，不能預約當天參觀。
團隊預約。主要針對旅遊公司、企事業單位和學校等，不能超過50人，且需提前一周在官網預約。
此外，南京博物院總共有六個場館，依次是歷史館、特展館、數字館、民國館、藝術館和非遺館。最為推薦的是歷史館、數字館和特展館。如果不確定哪個館人少，可以先從歷史館進入，依次遊覽。如果人多排隊，可以先從藝術館進入，這樣人少又快捷。