南京擁有許多著名的寺院，其中包括：
棲霞寺。位於棲霞區，始建於南北朝時期的齊朝，是中國佛教三論宗的祖庭，被譽為天下四大叢林之一，歷史上曾多次重建和修復，如今規模宏大，是東南地區的佛教中心。
定林寺。始建於南北朝時期，歷史上曾是禪宗之祖達摩來中國參禪的第一道場，有「南定陵、北少林」的美譽，雖然經歷了多次存廢，但仍有宋代的定林寺塔保存至今，號稱世界第一斜塔。
惠濟寺。位於浦口區的湯泉，歷史悠久，內有1500多年樹齡的銀杏樹，成為南京秋季的打卡聖地。
靈谷寺。始建於南北朝時期，明初被朱元璋賜名為靈谷禪寺，是明代南京的佛教三大寺院之一，曾是明朝佛教的中心，現在則保留了豐富的歷史遺蹟和文化。
雞鳴寺。位於玄武湖邊的雞籠山，始建於西晉，是南京最古老的古剎之一，有「南朝第一寺」之稱，每年三月櫻花季節吸引了眾多遊客。
大報恩寺。由朱棣為紀念其父明成祖而建，是中國歷史上規模最大、規格最高的寺院之一，現在遺址上保留有明清風貌的建築。
此外，南京還有靜海寺、毗盧寺、宏覺寺等眾多著名的佛教寺院，每一座都有其獨特的歷史和文化價值。