印尼語和馬來語之間存在一些差異，儘管它們屬於同一種語言。以下是兩者的主要區別：
書寫系統：
馬來語在20世紀以前使用的是一種叫做「Jawi」的改良式阿拉伯字母書寫系統。後來，「Rumi」羅馬字母書寫系統逐漸取代了「Jawi」的地位。
印尼語在書寫系統上受到荷蘭語和日本語的影響。例如，印尼語中的「oe」母音遵循荷蘭語習慣，而在日本佔領印尼期間，這個母音被改爲「u」。此外，英語「chin」中的子音在馬來語中用「ch」表示，而在印尼語中則書寫成「tj」，這種情況在1972年有所改變，馬來語和印尼語的書寫系統差異開始縮小。
詞彙：
馬來語和印尼語在詞彙上存在一些差異。例如，馬來語中的「郵局」是「pejabat pos」，而印尼語中的「郵局」則是「kantor pos」，這是由於印尼語從荷蘭語中借用了「kantoor」（辦公室）這個詞而產生的差異。
官方語言：
在印度尼西亞，官方語言被稱爲印度尼西亞語（印尼語），而在馬來西亞，官方語言被稱爲馬來語。儘管兩者基於相同的廖內方言形成，但在某些基本詞彙、語音和形態句法特徵上存在區別。
歷史和殖民影響：
馬來語和印尼語的差異也反映了它們的歷史和殖民影響。馬來西亞和文萊的馬來語受到英國殖民政府的影響，而印尼語則受到荷屬東印度公司的影響。
綜上所述，雖然馬來語和印尼語實質上是同一種語言，但它們在書寫系統、詞彙、官方語言的稱呼以及歷史背景方面存在一些差異。