原生生物的繁殖方式主要有無性繁殖和有性繁殖兩種。以下是詳細介紹：
無性繁殖。這是原生生物最普遍的繁殖方式，包括二分裂、多分裂、出芽生殖和裂體生殖等。其中，二分裂是最基本的形式，常見於鞭毛蟲和纖毛蟲，前者通常進行縱向分裂，後者則進行橫向分裂。多分裂則涉及細胞核的多次分裂和細胞質的分裂，最終形成一箇蟲體增殖爲多箇子代。出芽生殖則是指母細胞分裂產生芽體，芽體進一步發育成新的個體。裂體生殖則是指原生動物在體內或體外生出許多芽體。
有性繁殖。這種方式通常涉及雌雄配子的形成和融合，形成合子。例如，纖毛蟲特有的接合生殖涉及兩個蟲體通過胞口部分相接觸，發生胞質融合，各自的小核分裂形成新的小核，並通過融合形成新的合子。
此外，有些原生生物的生活史具有世代交替現象，即無性生殖和有性生殖兩種方式交替進行。