咖啡豆的保存方式應遵循以下四個要素：
密封：使用帶有密封條的密封包裝袋或專門的咖啡豆儲存罐，確保咖啡豆與空氣隔離，避免氧化和受潮。
避光：避免光線直射咖啡豆，因為光線可能影響咖啡豆的風味。
陰涼：將咖啡豆放置在陰涼處，避免高溫環境，因為高溫會加速咖啡豆的風味流失。
乾燥：保持存儲環境的乾燥，避免水分影響咖啡豆的品質。
對於家庭環境，不建議將咖啡豆進行冷凍和冷藏保存。如果咖啡豆在兩周內可以喝完，可以使用帶有單項排氣閥的密封包裝袋。如果咖啡豆包裝上沒有密封條和單項排氣閥，或者自己烘焙的豆子，可以使用專門的咖啡豆儲存罐，有單項排氣閥和密封排氣閥兩種模式，可以根據需要進行切換。建議買容量小一點的，把罐子裝滿一點效果會更好。
兩周內喝不完的咖啡豆，建議在養豆期即將結束的時候密封好，把單項排氣閥貼住，放進冰櫃冷凍儲存，降低氧化速度。大包裝的咖啡豆建議分裝密封冷凍，使用前一定要將咖啡豆降到室溫再打開包裝使用。
如果需要長時間儲存，建議使用分裝密封冷凍儲存。在冰櫃冷藏環境下，並不能有效地減少咖啡風味的流失，而且咖啡豆更容易吸附冰櫃中的異味，導致咖啡風味受到影響。將咖啡豆進行低溫冷凍可以延緩風味流失，但咖啡豆脫離低溫環境後會快速老化。如果需要將咖啡豆進行冷凍保存，則需要將咖啡豆拆分成不超過20克的小包裝，也就是製作一杯咖啡需要的用量。我們將這些咖啡豆進行密封抽真空，放置在零下78.5攝氏度或者零下196攝氏度進行超低溫保存，也就是大家通常說的乾冰 或者液氮冷凍。