商榷函的格式通常包括以下幾個部分：
標題。函的標題一般由「事由+文種」或「發文機關+事由+文種」構成。
正文。函的正文主要由原由、事項和結尾三部分構成。原由部分應寫明發函的原因和依據，對於復函，常見的寫法是「xx日來函收悉」或「關於……的函收悉」，而對於商洽函、請批函，則需寫明商洽、請批某事的原因和理由。事項部分應寫明商洽、請批或答覆的具體內容，可以一段到底，也可以事項與原由分開寫。結尾部分有的意完即止，無特殊的結尾標誌；有的在結尾處寫上「特此函告」或「盼覆」、「請函復」；若是復函，則寫上「特此函復」。
發函單位。需要加蓋單位公章。
發函日期。位於印章下方，全稱寫明年、月、日。
商榷函作為一種平行文，其特點是溝通協商，語言表述相比其他公文更為謙和、誠懇、自然，對受函單位的態度更為友好、尊重、溫和。寫作時應遵循主題明確、針對性強、把握分寸的原則，提出的要求應在受函單位的職權範圍內，是切實可行、能辦到的事項。