國家防汛抗旱總指揮部（國家防總）負責領導、組織、指揮全國的防汛抗旱工作。其職責包括：
組織領導：負責組織、指揮和協調全國的防汛抗旱工作，確保人民生命財產安全。
防汛抗旱工作：制定江河防禦洪水預案並組織實施，組織開展汛前檢查，正確決策指揮，科學調度洪水，及時轉移危險地區的羣衆。
物資儲備與調配：負責市級防汛抗旱物資的儲備、調度工作，以及應急度汛工程的除險加固、水毀防洪工程的修復和河道清障工作。
通訊與預警：負責應急度汛工程、防汛通訊、預警等非工程防汛設施的建設工作。
指揮系統建設：負責全市防汛抗旱指揮系統的建設、維護與管理工作。
抗旱服務組織建設：負責全市抗旱服務組織、防汛專業機動搶險隊的建設和管理工作。
宣傳與培訓：負責引導防汛抗旱宣傳工作導向，組織、協調和指導新聞宣傳單位做好防汛抗旱新聞宣傳報道工作，以及進行業務技術培訓與交流。
協調與監督：協調工業企業防汛抗旱工作，協調通信網絡運營企業做好公用通信設施的防洪安全和通信暢通，督促指導受災學校開展災後自救和恢復教學秩序工作。
國家防總由國務院副總理兼任總指揮，水利部部長和國務院副祕書長分別兼任副總指揮。縣級以上地方人民政府的防汛抗旱指揮機構由有關部門、當地駐軍、人民武裝部負責人等組成，政府行政首長任指揮，在上級防汛抗旱指揮機構和本級人民政府的領導下，領導、組織和指揮本地區的防汛抗旱工作。國家防總還設有防汛抗旱辦公室，負責日常工作，包括制定防洪預案、執行調度運用計劃、組織抗旱服務等。