土壤中存在 著多 種微生物， 包括 細菌、真菌、放 線菌、藻 類、原生 動物、病毒和 線 蟲等。
這些微生物在土壤中 發 揮 著各自的重要作用，例如， 細菌可以固氮、 幫助分解有 機物 質，真菌和放 線菌 則 參 與物 質的循 環，能 夠分解土壤中的有 機物 質 並 轉化 為植物可利用的 營 養物 質，古菌是一 類 極端嗜好菌，它 們在土壤的深 層生活， 對土壤 環境的 穩定性有重要作用。此外，藻 類 雖然 數量 較少，但也 為土壤生 態系 統做出 貢 獻，原生 動物和病毒等也 對土壤的健康和平衡起 著 關 鍵作用。