在《地牢製造者》的故事模式中，玩家需要僱傭怪獸、管理設施，並與黑商進行對話，以推進遊戲進程。以下是不同遊戲階段的攻略：
前期。重點在於為伊莉莎白角色打造良好的技能配置，包括必要的技能如神秘存在和刀刃風暴，以及提供AOE（面積攻擊）效果的技能。裝備方面，優先選擇吸血衣和不死鳥衣。同時，儘可能多地建造孵化房，以便在面對boss層前的休息室時能夠進階孵化房。
中期。繼續強化孵化房的等級，並在遇到難以擊敗的敵人時及時使用蛋來提升伊莉莎白的等級。此時應優先探索精英怪房間，其次是普通房間。在商店中瘋狂購買圖紙以升級孵化房，同時尋找新的孵化房。
後期。當神器數量達到40多件後，精英怪通常會掉落生命藥水。如果目標是刷分，可以繼續刷精英怪；否則，可以不刷精英怪，僅通過探索boss房和寶物房來開啟神器。此時應優先探索普通怪房間、寶物房和商店。
此外，遊戲中還涉及侵略系統、黑魔法技能書的使用、地牢經濟的管理等複雜元素。侵略系統允許玩家用怪物攻擊其他玩家的城鎮，並通過不同的選擇獲得不同的獎勵。地牢裡還藏有各種黑魔法技能書，直接使用這些技能而不消耗資源，可以幫助玩家更好地保衛地牢。遊戲中的評分系統也是一個重要機制，它衡量了玩家的表現和地牢的強度。通過合理規劃地牢、招募強大的怪物和陷阱、提高經濟實力等手段，可以提高評分。