垛田形成的主要原因包括：
環境變遷：興化地區的環境經歷了從湖到盪再到平地的變化，這種變化導致大量湖盪的出現，使得原本瀕湖而居的臨水狀態逐漸轉化為陸降水升的沼澤水盪。這種沼澤水盪的出現為垛田的誕生提供了客觀基礎。
應對水患、抗災減災的需求：興化地區在明代以前生態環境優良，但到了汛期，由於「四湖」、「三河」及「一海」的來水，興化地區成為洪水的重災區，頻繁遭受澇災。因此，為了應對這種頻繁的水患和澇災，當地先民採取了挖河泥墊高農田、壘土成垛的方式，形成了垛田。
地勢低窪：垛田形成的主要原因是地勢低窪，這種地勢使得農田容易遭受漬澇災害。為了改善這種情況，先民採取了壘土成垛的方式，使得垛田地勢高、排水良好。
綜上所述，垛田的形成既是環境變遷的客觀結果，也是當地人民為了應對水患、抗災減災而採取的智慧之舉。