墨汁染色的原理是一種稱為負染色法的技術。這種方法通過在標本的背景上使用墨汁進行著色，而使菌體本身不著色，從而觀察到菌體周圍的莢膜等結構。在黑色墨汁的背景下，菌體周圍會形成一個明亮的區域，這是因為菌體的莢膜不易著色，而菌體本身的折光性較強，因此在黑色背景下形成對比，使得莢膜結構變得清晰可見。這種方法特別適用於觀察細菌和某些真菌的莢膜等結構，例如新型隱球菌的厚夾膜結構。通過低倍鏡觀察，如果發現黑色背景下有圓形透光小點，即轉用高倍鏡仔細觀察其結構，如新型隱球菌的直徑、明顯的厚夾膜和周圍的折光性等特徵，從而可以報告墨汁塗片中找到「隱球菌屬」，並需進一步作真菌培養。