多重PCR（Multiplex Polymerase Chain Reaction, mPCR）的基本原理與常規PCR相同，即在DNA擴增過程中使用一對引物，但在多重PCR中，反應體系加入了兩個或以上的引物對，這些引分別結合在模板DNA的特定區域，從而在同一反應中擴增出多個核酸片段。
多重PCR的主要特點包括：
引物設計。多重PCR要求每對引物的設計要考慮到退火溫度和引物結構，以提高擴增的特異性和效率。
反應體系最佳化。多重PCR的反應體系需要特別最佳化，包括調整引物濃度、緩衝液、DNA聚合酶、dNTP和Mg2+等成分，以確保每個引物對都能有效地擴增其靶序列。
實時螢光監測。多重PCR可以結合實時螢光監測技術，使用螢光染料來檢測擴增過程中的螢光信號，從而實現對多個靶標的同步診斷。
套用廣泛。多重PCR被廣泛套用於多個領域，包括基因診斷、病原體鑑定、法醫學和食品分析等。
此外，多重PCR的一個挑戰是如何確保不同擴增片段在競爭資源時能夠均衡擴增，這通常涉及到對退火溫度和時間的精細調整。