天然酵母的製作方法有多種，不同材料製作酵母的步驟有所不同。以下是一些常見的製作方法：
葡萄乾酵母。首先將葡萄乾清洗乾淨，放入消毒過的玻璃瓶中，加入涼開水，放在溫暖的地方靜置；每天定時搖晃瓶子，觀察氣泡的產生，當葡萄乾浮起，瓶內充滿氣泡，並伴有酒香，表示酵母已製作成功；將發酵好的液體倒入容器中，加入高筋麵粉，混合均勻後放在溫暖處，直至麵團增至原來的兩倍大小；將清水和麵粉混合，攪拌均勻即可。
蘋果酵母。首先將蘋果洗淨，不削皮，切成小塊，加入水和適量白糖（可選）放入消毒過的玻璃瓶中，放在溫暖的地方發酵；每天搖晃瓶子，觀察氣泡的產生，當瓶內充滿氣泡，表示酵母已製作成功；將發酵好的液體倒入容器中，加入高筋麵粉和清水，混合均勻後放在溫暖處，直至麵團增至原來的兩倍大小。
黃皮酵母。首先將黃皮捏爛，加入糖和純淨水混合均勻後放入消毒好的密封罐中發酵；每天開蓋一次搖晃均勻，大約三天左右成熟；成熟後的酵母液按1:1的比例加入麵粉，發酵至兩倍以上即可使用。
花卉、水果、蔬菜酵母。選擇合適的花卉、水果或蔬菜製作酵母液；將食材放入帶蓋瓶子中，加入適量的水和糖（可選）；旋緊蓋子，放在溫暖處發酵；當瓶中材料開始冒出小氣泡後，引進氧氣促進酵母呼吸；當氣泡溢出，表示酵母液製作成功；將酵母液與乾粉1:1混合，繼續發酵後即可使用。
每種方法都有其獨特的風味和製作過程。可以根據個人喜好和所需風味選擇合適的食材。