《奇皇後》的大結局主要情節如下：
元順帝去世：在奇皇後的懷裡，元順帝去世。他之前揭露了骨朵的真實身份，即鷹泊首領，並設計誘捕了太後和骨朵，以謀反罪名處決了他們。元順帝死後，奇皇後帶著殘餘政權逃往蒙古草原，開始了新的生活。
脫脫戰死：脫脫在與元國作戰時戰死沙場，這是劇情中的一個重要轉折點。
奇皇後成為女王：幾年後，奇皇後成為了一代女王。元順帝退居幕後養病，但元國再次入侵奇皇後的國家。在這場戰爭中，脫脫犧牲，奇皇後帶著元順帝逃往蒙古草原。
情感糾葛：
奇皇後最終成為了大元王朝的後位擁有者，是太子的生母。儘管她獲得了極大的權力，但守著一個逐漸敗落的王朝，她感到寂寞。
妥懽，一生鍾愛奇承娘的皇帝，為了守護她做出了最大的努力。在劇情的最後，他帶著奇承娘的愛意幸福地離開了人世。
回憶鏡頭：電視劇最後一幕是奇承娘回憶起與王幽和妥懽在大青島見面的場景。這個回憶鏡頭暗示了奇承娘內心的糾結和選擇，她最終選擇了與妥懽同行，而犧牲了與王幽的關係。
綜上所述，《奇皇後》的大結局不僅包含了權力的更迭和政治的動盪，還深刻描繪了主要人物之間的情感糾葛和犧牲。