使用佛珠時，應遵循以下方法和注意事項：
持珠方法。持珠時，通常使用右手，將念珠展開，右手四指下託，從母珠（最大的那一粒）旁的第一珠起，用拇指下掐，每唸誦一句或咒語一次，就移動到下一珠，當回到母珠時，不要跨越或直掐而過，而是轉過頭來重新從母珠旁的第一珠開始。
不同部派的持珠方法。不同的佛教部派可能有不同的持珠方法。例如，《攝真實經》和《蘇悉地經》記載了不同的持珠手指組合。
佩戴念珠的注意事項。避免在手腕上佩戴念珠進行日常活動如洗手間使用等，夫妻同睡時不宜佩戴念珠或放在牀邊，避免在吸菸、接觸蔥蒜韭菜或飲酒後觸摸念珠，不使用時可將念珠放在佛堂或佛像前，每天可用薰香燻一下，不要隨意觸摸他人念珠，也不要將念珠放在褲子口袋尤其是屁兜裏。
念珠的計數方式。在計數時，應連續進行，不要翻轉念珠或改變方向計數。
此外，要注意佛珠的正確佩戴和使用方式，以及一些文化上的禁忌和禮儀。