清除黑毛藻有多種方法，可以根據實際情況選擇合適的方式：
使用除藻劑。可以使用高濃度的除藻劑，如戊二醛，對黑毛藻進行點射處理，每天在開燈和過濾的狀態下進行一次，連續2到3天，這種方法效果明顯，但需要注意，高濃度的戊二醛不僅對黑毛藻有效，也可能對水草和其他生物造成傷害。
物理除藻方法。對於不易受除藻劑影響的水草，可以採用物理方法去除黑毛藻，如修剪受影響的葉片，或者使用水管和刷子將黑毛藻從沉木或石頭上刮除，在清理時需防止黑毛藻擴散。
引入食藻生物。在草缸中增加一些專門食用黑毛藻的魚類或螺類等生物，如黑殼蝦、黑金剛螺等，可以幫助控制黑毛藻的數量。
環境控制。通過調整光照時間、水質管理和餵食量來減少水體富營養化，從而控制黑毛藻的生長。
加強光照管理。減少光照時長和強度，因爲光照是促進藻類生長的一箇重要因素。
在選擇清除方法時，務必考慮個人草缸的具體環境和生物多樣性，謹慎操作以避免對水族箱的其他部分造成負面影響。