與曹操的矛盾
孔融之死的真正原因主要在於與曹操的矛盾。以下是孔融與曹操矛盾的具體體現：
孔融的直言不諱和輕視禮教。孔融性格豪放不羈，經常做出一些蔑視禮教、離經叛道的事，例如，他對曹操的政治行為進行了尖銳的批評與嘲諷，包括對曹操攻下鄴城後曹丕的行為以及曹操禁酒令的反對。
孔融的政治立場。孔融堅持「投漢不降曹」的政治立場，主張「尊崇天子，擴大君權，削弱諸侯權勢」，這明顯是要曹操還政於漢獻帝，這與曹操的政治理念有著根本的不同。
孔融的這些行為不斷激怒曹操，最終在公元208年被曹操以「招合徒眾」、「欲圖不軌」、「謗訕朝廷」、「不遵超儀」等罪名誅殺。