在遊戲《小小航海士》中，最好的船的選擇取決於玩家的遊戲階段和資源情況。以下是不同階段推薦的船隻：
氪金船：氪金船是遊戲初期就能獲得的船隻，擁有三個炮艙，這在前期能夠打出不錯的傷害，使得遊戲體驗更加舒適。如果玩家有能力，可以考慮購買一艘先民突擊艦。
史路普帆船：史路普帆船在前期非常好用，但需要300木材才能製造，這在前期相對較貴。因此，建議玩家在資源允許的情況下，優先選擇建造史路普帆船。
卡維爾船：卡維爾船在前期有兩個倉庫，這對於保證續航非常重要。雖然它比三角帆船少了一個倉庫，但考慮到前期的需求，卡維爾船是更好的選擇。
小型方形帆船：這艘船最便宜，但只能使用到西海，之後會變得脆弱，幾乎直接被淘汰。
加萊戰船：雖然加萊戰船比卡維爾船優秀一些，但需要350木材，這在前期非常昂貴。到赤海時，它幾乎註定會被淘汰，因此不建議建造。
史路普帆船：當主線任務到達卡盧時，需要三艘船才能通過某些關卡。史路普帆船是前期最好的船，兩艘史路普配合一艘卡維爾就能打過沉船灣向東邁進。但如果只有兩艘卡維爾和一艘史路普，輸出可能會不足，難以擊敗最後一關的亞倫達斯。
綜上所述，沒有一艘船是絕對最好的，玩家應根據自身情況和遊戲進程來選擇合適的船隻。