《小小航海士》的跑商攻略可以分為幾個階段，每個階段都有不同的策略和路線。
新手階段（主線進行到緋紅之海之前），這個階段不建議過分關注賺錢。如果需要賺錢，可以嘗試在寶藍海域進行之字形掃圖，儘管效率較低。注意在風暴海最低的三張地圖避免遭遇強大敵人。
第二階段（開啟緋紅之海，擁有第一個傳送點自由之都），這個階段可以買賣香料，從緋紅海購買後運到寶藍海域賣掉。雖然利潤率不錯，但因為貨物價值較低，效率並不高。同樣要注意在緋紅海最低的三張地圖逃跑。
第三階段（開啟青海海域，直到寶藍世界通關），這個階段可以運行一條高效的商路。例如從冰國之都購買翡翠，到青海東的南特里賣象牙，再到青海東南的李斯丁堡賣琥珀，以此類推。這個路線可以在一個來回中跑完，收入可觀。注意開始時貨船較少，可以精簡路線，同時建議購買更多貨船。
第四階段（開啟先民地圖之後），遊戲後期最有效的賺錢方法是黑海掃圖法。
此外，還有一些通用的技巧，如哄抬物價、購買並銷售特產、在貨艙允許的情況下多樣化貨物等。