小球藻和螺旋藻的主要區別包括以下幾個方面：
科目分類：
小球藻屬於綠藻門、綠藻綱、小球藻科、小球藻屬，是一種單細胞的綠藻。
螺旋藻屬於藍藻門、藍藻綱、顫藻科、螺旋藻屬，是一種單細胞或多細胞的水生植物。
生境分布：
小球藻通常生長在淡水中或水底物體上，分布於遼寧、河北、山西、江蘇、山東、福建、安徽、廣東等地。
螺旋藻適應於高溫鹼性環境，生長於淡水和鹹水環境中，主要分布在熱帶、亞熱帶地區的淡水及鹽鹼性湖泊中，如中非查德湖、墨西哥特西科科湖和我國雲南永勝程海湖。
營養成分：
小球藻是一種優質的綠色營養源食品，含有高蛋白、低脂肪、低糖、低熱量以及豐富的維生素和礦物質元素，還含有小球藻細胞生長因子(C.G.F.)，具有特殊的醫療保健功能。
螺旋藻是自然界營養成分豐富的生物，富含高質量的蛋白質、γ-亞痲酸的脂肪酸、類胡蘿蔔素、維生素以及多種微量元素如鐵、碘、硒、鋅等，被廣泛用作保健品，並被美國和歐洲航天局推薦為太空任務人員的主要食品之一。
生物結構：
小球藻是真核單細胞植物，具有細胞核。
螺旋藻是原核單細胞或多細胞水生植物，無細胞核。
食用安全性和適用人群：
小球藻適用於男女老少食用。
螺旋藻也具有廣泛的食用和保健價值。
綜上所述，小球藻和螺旋藻在生物分類、生長環境、營養成分、生物結構等方面存在顯著差異。