山慈菇的炮製方法有多種，以下是一些常見的炮製步驟：
傳統炮製方法。將原藥洗淨，冬春季節使用熱水，夏秋季節使用冷水。洗淨後，將山慈菇放入籃子中濾乾水分，然後投入缸內潤6到8小時。取出後切成約2厘米厚的片，接著曬乾或烘乾。
簡易清洗炮製法。首先清除山慈菇的雜質，然後用水浸泡約1小時，潤透後切成薄片，進行乾燥或洗淨後乾燥，使用時搗碎。
高壓蒸汽法。使用高壓沖洗機清洗山慈菇，然後用氣泡式清洗機精洗，並用鼓風機吹乾。將處理過的山慈菇放入高壓罐中，加入高壓熱蒸汽，保持2MPa的壓力下蒸製2小時，取出晾乾。再將山慈菇放入耐高壓容器內，加入8%的氨水溶液，調節pH值為7.2，在40°C和2MPa下密閉悶潤2小時，然後取出晾乾。最後將處理過的山慈菇平攤後送入微波加熱儀，微波輻射處理10分鐘（微波加熱功率為5kw），之後進行真空包裝。
特殊炮製液法。將山慈菇曬乾後，浸泡於質量濃度為1%的檸檬酸溶液或10%氯化鈉溶液中40到50分鐘。取出後放入備用液中，加熱至50到60°C，保溫浸泡2到3小時，再升溫至85到90°C，保溫浸泡1到2小時，最後升溫至沸騰，保溫20到30分鐘。冷卻後，將山慈菇在65到70°C下烘乾，然後放入鍋中，加入山慈菇重量10到15%的黃酒，燜潤至黃酒被吸乾，再蒸製5小時。最後切片，在70°C乾燥至含水量10到15%。