巴赫的死因至今沒有明確的醫學證據支持，但根據歷史記載，他晚年遭受了嚴重的眼疾折磨，最終導致失明。以下是關於巴赫死因的幾種說法：
眼疾導致的失明：巴赫在晚年因眼疾而幾乎失明，這嚴重影響了他的作曲和指揮工作。有分析認為，巴赫自中年起就可能患有白內障，到了晚年症狀加劇。
白內障手術失敗：有文獻記載稱巴赫因白內障手術失敗而引發的高燒和敗血症導致死亡。
多種可能的因素：包括幼年時期在燭燈下抄譜的影響、過多的工作負擔、遺傳因素等，都可能是導致他失明的原因。巴赫甚至請了英國的眼科名醫泰勒為他動手術，但不幸失敗，導致病情惡化。
儘管存在多種說法和假設，但巴赫的確切死因仍然是一個未解的歷史之謎。他的去世不僅標誌著一位音樂大師的逝去，也引發了對他的遺產和家庭成員命運的關注。