廚餘垃圾處理不當會帶來多方面的問題：
滋生細菌和黴菌。廚餘垃圾容易在適宜的溫度和溼度條件下滋生細菌和黴菌，如硫化氫和氨氣等有害氣體，這些氣體可能引起頭痛、噁心、嘔吐等症狀，嚴重時甚至可能導致中毒。
污染環境。廚餘垃圾含有大量易腐爛的有機物，如果長時間堆積不處理，容易引發蚊蟲、蒼蠅等害蟲的滋生，這些害蟲不僅會帶來衛生問題，還可能傳播疾病，如痢疾、霍亂等。
產生酸性物質污染地下水源。廚餘垃圾在分解過程中會產生酸性物質，這些物質如果滲入地下水源，可能會對水質造成污染，從而影響到人們的飲用水安全。
影響食物安全。廚餘垃圾也是各類致病菌的產生源頭，容易滋生蚊蠅，招來鼠蟲，容易成爲傳播疾病的媒介。
製成地溝油危害健康。廚餘垃圾中的油脂是“地溝油”的主要來源，這些地溝油含有大量致癌物質，長期食用會導致慢性中毒，容易患上肝癌、胃癌、腸癌等疾病。
影響垃圾處理效率。廚餘垃圾產生的垃圾滲濾液需要單獨處理，同時其高水分含量影響垃圾焚燒發電效率。