微生物的染色方法主要包括以下幾種：
革蘭氏染色法：這是一種復染色方法，使用結晶紫和石碳酸復紅兩種染液。通過這種方法，可以將細菌分為革蘭氏陽性菌（G+）和革蘭氏陰性菌（G-）。
簡單染色法：使用一種染液，如美蘭或石碳酸復紅等，只能顯示細菌的形態及大小。
特殊結構染色法：用於染色細菌細胞的特殊結構，如鞭毛、莢膜、芽孢、異染顆粒等。
負染色法：背景著色而細菌本身不著色，常用染料有墨汁、水溶性苯胺黑等，用於檢查細菌的莢膜。
螢光染色法：使用螢光染料，如金胺、吖啶類染料進行染色，用於觀察細菌不同部位的形態。
此外，還有一些特定的染色方法，如芽孢染色法，包括孔雀綠染色法和石炭酸復紅染色法，用於使芽孢與菌體呈現不同顏色，便於觀察。
染色的基本步驟包括塗片、乾燥、固定、染色、水洗、乾燥，然後用顯微鏡觀察。