微生物肥料製作的過程主要包括以下步驟：
原料選擇。主要的原料包括二氧化碳、水、有機物等，有機物可以來源於植物秸稈、畜禽糞便、食品廢物等。這些原料需要經過粉碎和混合處理，以便微生物更容易吸收和利用。
發酵。將準備好的原料放入發酵罐中，並添加微生物菌群，同時適量添加水分。發酵過程需要控制適宜的溫度、水分和通風條件。發酵時間根據不同的微生物肥料類型和原材料而有所不同，通常需要3到5天。
處理。發酵完成後，對原料進行處理，包括乾燥、篩分等步驟，以去除異物和大塊雜質，製成均勻的微生物肥料顆粒。此過程需要嚴格控制溫度和濕度，避免微生物再度繁殖和生長。
包裝與儲存。處理後的微生物肥料需要進行適當的包裝，選用透氣性好的材料，並添加吸濕劑和防潮劑。儲存時應保持乾燥、通風、陰涼的環境，並避免陽光直射和高溫，儲存時間一般在6個月左右。
此外，可以根據需求製作不同類型的微生物肥料，如固體或液體生物菌肥，液體生物菌肥可以通過將有機廢棄物、糖、水和發酵劑混合發酵後過濾製成；固體生物菌肥則可以通過將有機廢棄物、土壤、發酵劑混合發酵後晾乾製成。