微生物菌肥的使用方法有多種，包括土壤施用、葉面噴施、蘸根等，具體方法如下：
土壤施用。可將微生物菌肥與適量有機肥料混合均勻後撒施於土壤表面，然後翻耕入土中，一般每畝施用量為1～2公斤。
葉面噴施。將微生物菌肥配製成一定濃度的溶液，噴灑在作物的葉面上，一般每畝噴灑量為50～100克。
蘸根。將微生物菌肥與適量清水混合均勻後，浸泡作物根部一段時間，然後取出晾乾後再移栽，一般每畝蘸根量為50～100克。
此外，還有溝施穴施、拌苗床土、沖施等施肥方式，具體可根據作物種類和實際情況選擇適合的施肥方法。
使用微生物菌肥時還應注意施肥時間、用量控制，避免與農藥等有害物質混合施用，保持適宜的土壤濕度等，以充分發揮其肥效。同時也要注意，不同的微生物菌肥適用於不同的土壤和作物，因此需要根據土壤和作物的需求選擇合適的菌肥品種。