清理魚缸底砂的方法取決於底砂的類型和污染程度。以下是幾種常用的清理方法：
手動清理。先將一部分魚缸底砂倒入大容器中，輕輕搖晃以讓底砂上的雜質沉澱，然後將容器傾斜，倒出上層清水，留下底砂。重複此步驟，直至清洗乾淨。
使用水泵和虹吸器。對於較細的底砂，可以使用水泵和虹吸器。將虹吸器的吸水端插入底砂中，形成半真空環境，利用水流將雜質帶走。這種方法適用於顆粒較大的底砂，如大磯沙、鐵膽沙。
生物清理。在魚缸內飼養喜歡翻動底砂的生物，如泥鰍、蝦虎魚、條鰍等，這些生物可以幫助清理底砂，同時還能帶動魚糞等髒東西，被過濾系統吸收。
使用專門的清洗器。對於難以手動清理或使用水泵和虹吸器的情況，可以使用專門的底砂清洗器。這種清洗器利用虹吸原理，通過抽底砂形成水流，從而帶走雜質。
翻缸。如果垃圾過多，難以清理乾淨，可以選擇翻缸，徹底清潔底砂。
此外，定期清理魚缸、合理餵食、使用除青苔藥劑、飼養田螺等生物也有助於減少底砂的污染。在清理過程中，應避免使用任何化學清潔劑或肥皂，以免對魚造成傷害。