恆河污染的原因主要包括以下幾點：
工業廢物隨意排放。恆河沿岸建有大量工業城市，包括製造商、化工廠、紡織廠、建築廠和屠宰廠等，這些工廠將未經處理的廢物直接排入恆河，導致河流受到嚴重污染。
人口過多和生活污水處理不善。恆河流經的區域中，有眾多人口超過十萬和五十萬的城市，以及普通城鎮，這些地方的生活污水直接排入恆河，增加了水體的污染負荷。
宗教習俗。印度教徒有在恆河中沐浴和火化屍體的習俗，認為這樣可以洗淨罪惡和獲得救贖，每年有大量的屍體和骨灰被投入河中，導致河流污染。
家畜屍體和垃圾隨意丟棄。沿岸居民會將家畜的屍體和垃圾隨意丟入河中，增加了水體的污染。
工業用水和排放污水。工業用水和排放的污水也是恆河污染加劇的一個源頭問題。
這些因素共同作用，導致恆河的水質惡化，嚴重威脅到環境和人類的健康。