慈菇的種植過程主要包括以下幾個步驟：
種植時間。早熟品種的慈菇在4月下旬育苗，5月下旬種植；晚熟品種則在5月上旬育苗，7月中下旬種植。一般而言，春季氣溫達到15℃以上時種植更有利於慈菇生根發芽。
整地施肥。提前準備好基肥，每畝使用1500~2000公斤腐熟廄肥。將球莖頂芽切下進行催芽，或在窩席中覆蓋濕草，保持15℃以上氣溫，約10~15天後芽可插入育苗。每畝大田需用頂芽10~12公斤。
移栽定植。當慈姑有4~5片定型葉時，可以進行移植。移植前每畝施2000~2500千克腐熟廄肥作為基肥，然後放淺水3~4厘米。將秧苗從苗床拔出，保留中心3片新葉，外圍留老葉，按行株距35~40厘米插入泥中，抹平周圍泥土。
肥水管理。淺水勤灌，防止乾旱。高溫多雨季節適當擱田。生育前期保持水層3~6厘米，7~8月高溫天氣保持水層12~20厘米，8月以後保持水層8~10厘米，9~10月保持水層3~5厘米。追肥定植14天後施腐熟糞水或尿素。
耘耥除草。定植緩苗後進行第一次耘耥、除草，之後每15~30天一次，共2~4次。8月後去除老黃葉，保留中央新葉4~5片。
病蟲害防治。主要病害有黑粉病和斑紋病，可用相應的殺菌劑噴霧防治。主要蟲害有鑽心蟲和蚜蟲，可用相應的殺蟲劑噴霧防治。
科學採收。在廣東地區，慈菇的採收期一般在12月中旬到1月中旬，分為2~3次採收。當葡萄莖粗大而鬆軟時，表示養分已充分集中到頂端的球莖上，可以進行採收。