慈鯛是一種雜食性魚類，它們的飲食包括水草、小型魚類、蝦蟹等。在幼年時期，慈鯛主要喫小型浮游動物和水草，而成年後則主要喫小型魚類和蝦蟹等。爲了保持健康和發育，飼養者應該爲慈鯛提供多樣化的食物，但同時要避免過度餵食。
在野外，慈鯛的胃裏可能發現的食物殘渣包括藻類、小魚、青苔、淡水海綿等。慈鯛的飼料可以分爲人工飼料、天然飼料、冷凍飼料以及自己加工的飼料。人工飼料包括顆粒狀、薄片狀、長條狀等形態；天然飼料如血蚯蚓、豐年蝦、水蚤、線蟲、小蝦、麪包蟲等；冷凍飼料包括血紅蟲、珍珠蝦、糠蝦、豐年蝦等；自己加工的飼料可以是蔬菜、漢堡等。
在飼養三湖慈鯛時，建議以人工合成飼料爲主，以冷凍紅蟲、絲蚯蚓、豐年蝦、小蝦等動物性飼料爲輔。飼料分爲漂浮性和沉底兩種，分別適合不同層次的魚。冷凍飼料建議每週餵食一次，以防止過量餵食引起的疾病。
大多數三湖慈鯛是素食者，在原生地它們主要啃噬水草和巖壁上的苔蘚。因此，人工餵食時可以選擇專爲三湖慈鯛設計的薄片飼料，主要成分是植物類和少量的動物成分（用以提色）。還可以餵食燙過的嫩菠菜葉子等。