手動擋車輛熄火的主要原因包括離合器使用不當、發動機負載大或動力輸出不足、油路堵塞或進氣管沉積物、火花塞故障等。具體如下：
離合器使用不當。在車輛起步時，如果離合器抬起過快，可能會導致發動機輸出的牽引力不足以克服靜態摩擦力，從而導致熄火，或者在行駛過程中，離合器和油門的配合不當，也會導致熄火。
發動機負載大或動力輸出不足。在上坡或者其他需要較大動力輸出的情況下，如果發動機的動力輸出不足以滿足車輛運行的需要，就會導致熄火。
油路堵塞或進氣管沉積物。油路堵塞或進氣管沉積物的積累會影響發動機的正常工作，導致熄火。
火花塞故障。火花塞損壞會影響汽車的點火過程，進而導致熄火。
油品質量問題。使用質量不合格的油品，如含有大量膠脂的油品，可能會導致油路堵塞，影響供油，造成熄火。
緊急剎車時未踩下離合器。在緊急剎車時，如果未能及時踩下離合器，可能會導致發動機熄火。
解決這些問題的方法包括正確使用離合器、確保油品質量、定期清理進氣管和油路、及時更換火花塞、以及在緊急情況下正確操作剎車和離合器。