手工肥皂的原理主要包括化學原理和清潔原理。
化學原理：手工肥皂的生產原理是通過油脂與鹼液之間的皂化反應，油脂（油）+鹼+水→肥皂+甘油。在這個過程中，油脂被分解成脂肪酸和甘油，而鹼則提供氫氧根離子，兩者結合形成肥皂分子。手工皂與化工皂的主要區別在於甘油的存在，手工皂通常完全保留甘油，這使得手工皂具有保濕功能。
清潔原理：肥皂分子具有「親水基」和「親油基」。當肥皂溶解在水中時，其「親油基」會與皮毛或纖維上的小塊灰塵、污垢結合，形成所謂的「微胞」。同時，「親水基」也被水牽引，由於它們是連線在一起的，強大的「親水基」藉助水的力量，將「親油基」形成的「微胞」強行帶走，從而完成清潔過程。