扣底薪的合法性取決於具體情況。以下為詳細介紹：
一般情況下，用人單位不得隨意扣減勞動者的底薪。根據《勞動法》的規定，工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人，不得剋扣或者無故拖欠勞動者的工資。如果用人單位無正當理由扣減勞動者應得工資，即使是因為勞動者的原因造成經濟損失，也是違法行為。
在某些特定情況下，用人單位可以要求勞動者賠償經濟損失，並且可以從勞動者的工資中扣除相應的賠償費。這包括勞動者因本人原因給用人單位造成經濟損失，且用人單位和勞動者之間有勞動契約的約定。但是，扣除後的工資餘額不得低於當地最低工資標準。
用人單位可以代扣的合法項目包括個人所得稅、社會保險費、法院判決或裁定中要求代扣的費用，以及法律法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
如果用人單位違反規定扣減底薪，勞動者可以向勞動行政部門投訴、申請勞動仲裁，或向人民法院提起訴訟。以上是法律方面的有關規定，如果您遇到相關問題或想獲得更專業的建議，可以諮詢律師。