抗性基因的主要作用包括：
篩選作用：抗性基因可以表達抗性蛋白，使得帶有抗性基因的菌株能夠在含有抗生素的培養基上生長。在轉基因研究中，抗性基因常與目的基因連在一起，用作篩選標記，以確保目的基因被成功插入載體。通過這種方式，抗性基因有助於篩選出陽性克隆。
賦予細菌抗生素抗性：抗性基因能使細菌對氨基苄青黴素、氯黴素等抗生素產生抗性。這種抗性通常是通過基因突變產生的，雖然基因頻率較低，但抗生素的濫用可能導致抗性基因在環境中傳播和擴散，對公共健康和食品安全構成威脅。
環境污染物：抗生素抗性基因（ARGs）被視為一種新型環境污染物，它們在環境中的傳播和擴散可能比抗生素本身更具危害性。ARGs在地表水、地下水、醫療廢水、城市污水處理廠、養殖場、土壤、沉積物以及大氣環境中都有分布，對生態環境和人類健康構成潛在風險。
育種套用：在育種過程中，抗性基因被選擇用以培養出具有優良商品性狀的新品種。通過幾代的選擇，可以產生抗污染的品系，這對於農業和工業領域具有重要意義。
綜上所述，抗性基因在科學研究、農業育種以及環境保護中扮演著重要角色，但同時也帶來了新的挑戰和爭議，特別是在抗生素抗性基因的環境影響方面。