提摩太後書的主題主要包括以下幾點：
聖經的重要性：提摩太後書強調了聖經的重要性，指出教會應建立在聖經的根基上，因為聖經是使徒和先知在上帝默示下所寫成的經書。
信仰的純潔性：提摩太被勸勉要守住從前所交託他的善道，用信心和愛心常常守著，並且要牢牢地守住所學習和確信的純正話語。
教義的傳承：提摩太後書還強調了教義的傳承，即各人應當知道他們所學習和確信的，並且要使這些真理在教會中得以傳承。
教會的責任：教會還有責任為從前一次交付聖徒的真道竭力的爭辯，當主的真道被人曲解、錯用或擾亂之時，教會應當維護真理。
個人的責任：個人應當用百般的忍耐，各樣的教訓，責備人，警戒人，勸勉人，並且要為從前一次交付聖徒的真道竭力的爭辯。
綜上所述，提摩太後書的主題圍繞著聖經的重要性、信仰的純潔性、教義的傳承、教會的責任以及個人的責任展開，強調了這些要素對於維護教會真理和信仰的重要性。