擦窗機器人的缺點主要包括：
操控性不佳。擦窗機器人的底部不是萬向輪，因此只能直線移動，不能靈活左右移動。這在家中窗戶較小或難以轉動的情況下尤為不便。
重量和體積問題。擦窗機器人本身較重，且體積較大，這可能導致在操作時遇到困難，特別是對於窗戶的角落和邊緣難以完全覆蓋。
電源線限制。大多數擦窗機器人的電源線長度約為5米，這在家中擦窗時可能會受到限制，尤其是在需要到達窗戶外部進行清潔時。
適用性限制。擦窗機器人的厚度不一，可能會限制其在有窗戶護欄或室外圍擋下的使用。選擇適用於有窗戶護欄的薄型擦窗機器人可以解決這一問題。
智慧型程度有限。擦窗機器人在擦窗過程中不能跨過窗戶格子，需要人工觀察並根據情況手動移動機器。
使用並不輕鬆。使用擦窗機器人時，需要一面面地去移動機器人進行清潔，這相比於使用雙面玻璃擦窗器效率較低。
總的來說，雖然擦窗機器人在清潔大面積窗戶時較為方便，但對於小窗戶、有複雜窗戶格子或特定護欄的情況則可能不太適用。