文山壯族自治州的平均海拔在1000米至1800米之間。其中，最高點是薄竹山，海拔約為2991.2米；最低點是痲栗坡縣的船頭（天保國家級口岸），海拔約為107米。此外，州府所在地文山市的海拔為1260米。