施耐庵的故事有很多，以下是幾個常見的：
1. 創作靈感來源於《水滸傳》一百零八將夢：一天深夜，施耐庵一覺醒來，忽聽得門外傳來一陣打門之聲，打開門一看，卻見一個頭戴氈帽、身長八尺、面長耳大的壯漢，原來壯漢正是夢中所見到的。於是二人就一起走進了茶館，邊吃邊聊，相談甚歡。幾天之後，施耐庵與這個壯漢定下了見面的時間和地點，約定當面相見，那個壯漢走了之後施耐庵卻沒去見面，從此也就結束了《水滸傳》的創作。
2. 遷居惠安縣：施耐庵遷居惠安縣。他在惠安傳播文化，教徒著書，名聲逐漸傳開。明朝開國後，他才重新開始著述《水滸傳》。
3. “隱居”於淮安：相傳施耐庵是元未明初人。如果他確是元末清初人，他的生平大部分和傳說中一樣：即大約生活在1296年左右到1370年左右，曾居住蘇州閶門外，經歷戰亂後遷至淮安，最後逝世於淮安。
這些故事在一定程度上展示了施耐庵的生活和性格特點，也為《水滸傳》的創作背景增添了神秘的色彩。