製作日式溏心蛋的步驟如下：
準備材料。需要無菌雞蛋，木魚花，昆布醬油，味啉，冰糖，蔥段，以及適量的水。
製作湯汁。在鍋中加入適量的水，加入木魚花，昆布醬油，味啉，冰糖，蔥段，用小火煮約30分鐘，煮好後過濾掉木魚花，留下湯汁。
煮雞蛋。將雞蛋從冰箱取出，放入鍋中，加入冷水，水量需足以覆蓋雞蛋，用大火煮開後轉小火，保持微小氣泡的狀態，煮6至7分鐘，煮好後迅速放入冷水中冷卻，以防止蛋黃繼續煮熟。
剝殼。將冷卻後的雞蛋剝殼，剝殼時可以使用線或刀，以避免蛋黃粘附在殼上。
浸泡雞蛋。將剝殼後的雞蛋放入湯汁中，確保雞蛋完全浸泡在湯汁中，可以放入冰箱冷藏一晚，以便雞蛋更好地吸收湯汁的味道。
需要注意的是，煮雞蛋時應在雞蛋的大頭處扎一箇小孔，以防止雞蛋在煮的過程中爆裂，煮好的雞蛋應在冷水中浸泡一段時間，以便更容易剝殼，另外，爲了確保雞蛋的安全，建議購買無菌雞蛋。