日本代購費用的計算方式通常有以下幾種：
按照實時匯率計算：直接使用當前的匯率來計算商品的金額。
實時匯率加上跑腿費：除了商品的實時匯率外，還會加上一定的跑腿費用，這個費用會根據購買物品的難易度自行計算。
實時匯率加上商品金額的百分比加上跑腿費：這種方式一般用於貴重物品或者耗時耗力的物品，除了商品的實時匯率和跑腿費外，還會加上商品金額的一定百分比作爲代購費。
高額匯率加上每筆交易的手續費：這種方式是日拍代購常用的計算方式。
另外，有些專業買手會有特定的收費標準，例如：代買1千日元～1萬日元收買手費100元人民幣，1萬日元～2萬元日元收買手費160元人民幣，以此類推，最高買手費不超過340元人民幣。這種方式的費用會根據購買的商品金額來分段計算。
還有一些代購方式會收取10~20%左右的代購費，匯率按照6左右來進行計算。
總的來說，日本代購的費用包括商品的實時匯率、跑腿費、商品金額的百分比以及可能的代購手續費等。