日本和牛的品種主要包括以下幾種：
黑毛和種。這是日本和牛中最常見的品種，佔日本肥牛的90%，主要產地包括鳥取、但馬、島根和岡山。
紅毛和種。這是和牛的另一箇主要品種，產地包括熊本和高知等地。
五角和種。該品種是和牛中的一箇較少見的種類。
日本短角和種。該品種在日本和牛中相對罕見。
神戶牛。該品種是在兵庫縣專業畜牧場培育的品牌和牛，是國際上非常有名的日本和牛品牌。
松阪牛。該品種是在三重縣松阪市及其近郊培育的頂級品牌和牛。
近江牛。該品種是在滋賀縣細心飼育的品牌和牛。
巖手短角牛。該品種是罕見的和牛種類，數量不多。
米澤牛。該品種是在山形縣出生和飼育的品牌和牛。
此外，日本全國各地還飼養了超過200種品牌的和牛，每個品牌都與其產地有着深厚的聯繫，擁有不同的滋味、質地與外觀。