日本流心蛋的做法如下：
使用無菌雞蛋，確保雞蛋不是冷藏的，如果是從冰櫃取出的雞蛋，讓其回溫，以避免煮時爆裂。
製作醬汁。混合150克生抽、200克清水、50克白糖，大火煮開後放涼。可加入洋蔥、蔥花和熟芝痲拌勻，也可添加味淋和木魚花提味。
將雞蛋放入鍋中，加入足夠的水，水中可加入一點鹽和醋。水開後，轉小火，煮5至7分鐘，具體時間可根據所需的溏心程度調整。
煮好後，立即將雞蛋放入冷水或冰水中浸泡10至20分鐘，幫助停止烹飪並易於剝殼。
剝去雞蛋殼後，將其放入醬汁中浸泡，可放入保鮮袋中，確保雞蛋完全浸沒於醬汁中，放入冰櫃冷藏一夜，讓雞蛋充分吸收醬汁的味道。
冷藏後，即可食用。這樣的流心蛋半流心狀態，蛋黃軟糯無腥味，口感極佳。